En el año 1958 se crea el Colegio San Luis Gonzaga de Enseñanza Especial para Adolescentes, y en 1960 comienza a funcionar la Consulta de Orientación gratuita. Dos años más tarde se aprueba la denominación de Colegio San Luis Gonzaga de Enseñanza Especial para Adolescentes y, en 1964, es aceptado como socio de la Liga Internacional de Asociaciones para la Ayuda a Deficientes Mentales. Un año más tarde se constituye la Fundación Centro de Enseñanza Especial, calificada de benéfico-docente, y se crea su primer patronato. También se publica por primera vez Noticias, boletín de carácter informativo que sigue editándose en la actualidad.
En 1965 empiezan a desarrollarse los cursos FIP (Formación Intensiva Profesional) para los alumnos, y desde 1967 se imparten cursos para la formación de sus monitores y profesionales, enmarcados en un programa especial creado por la Dirección General de Promoción Social del Ministerio de Trabajo.
En la década de los setenta se traslada a las nuevas instalaciones en Pozuelo de Alarcón, incorporándose definitivamente las Hijas de la Caridad de San Vicente de Paúl a la estructura de la Fundación. Además el Centro de Enseñanza Especial incrementa sus servicios: centro experimental de trabajo, escuelas de formación profesional especial, talleres de empleo protegido, escuela para niños de 4 a 14 años, huerto escolar, residencia, consulta gratuita y toda una serie de servicios paralelos como asistencia psicológica y social, logopedia, fisioterapia, psicomotricidad o servicios médicos, entre otros.
Desde el año 1971 se realizan actos informativos en la Casa de Brasil, que después derivarán en el Día de Puertas Abiertas. Durante estas fechas, se crea el Club Amistad de Antiguos Alumnos. En 1973 se introduce en España el primer grupo de Atención Temprana. En 1975 se organizan los dos primeros cursos teórico-prácticos de preparación de profesionales en este campo.
Durante los años ochenta y noventa se impulsan nuevos servicios para responder a las necesidades que aparecen en la población atendida: asociación de padres (ASPAFES), asociación juvenil de hermanos (HADEM); inauguración el centro residencial para mayores El Cabezo y los pisos tutelados para adultos en San Sebastián de los Reyes; se instaura el centro ocupacional, de educación permanente y residencia Granja San José; firma del concierto del Centro Educativo San Luis Gonzaga (Pozuelo) con el Ministerio de Educación y Ciencia; nacimiento del centro especial de empleo ARTESA, y creación de una Unidad Ocupacional para usuarios con más necesidad de apoyo, entre otros logros.
En 1996 la Fundación cambia su nombre por el de Fundación Gil Gayarre.
A partir del año 2000 se crean nuevos servicios:
Desde el año 2004 la Fundación coopera con Honduras en programas de formación y asesoramiento.